自然災害が発生した場合
「天然災害發生事業單位勞工出勤管理及工資給付要點（自然災害発生に伴う事業単位の労働者に対する出勤管理及び給与給付に関する要点）」によると、労働者があらかじめ労働基準法第36条に基づく休息日の出勤に同意していたにもかかわらず、自然災害が発生した場合、労働者の勤務地及び居住地の管轄区域首長が規定に基づいて、労働の停止を宣言していればしていれば、労働者は出勤する必要はありません。
その場合、雇用主は欠勤や遅刻と見なしたり、あるいは労働者に別途休暇を申請するように強制してはならず、振替出勤の強制や皆勤ボーナスの削減、解雇、その他労働者が不利益を被るような措置を施してはいけません。
自然災害が発生しているなかで、労働者がすでに出勤している場合には、安全に考慮し、労働を停止しなければなりません。その際、すでに出勤してからの給与と労働時間は労働基準法第24条第2項及び第3項、第36条第3項の本文規定に基づいて対応する必要があります。
具体例1 土曜日出勤予定だがまだ出勤していない状態
ある労働者Aは事前に休息日の出勤に同意していました。
当日の出勤前に勤務地の管轄区域首長は台風を理由に労働の停止を宣言しました。
この場合、労働者は出勤を取りやめることが可能です。
ただし、事後のトラブルを避けるため、雇用主には出勤しない旨、連絡を入れることが合理的であると考えられます。
休息日に出勤していないので、給与の減額や追加の支払いは発生しません。
具体例2 土曜日に出勤していたら午後から台風休暇が発令された場合
ある労働者Bは休息日にすでに出勤していましたが、出勤から3時間後に台風の影響が次第に大きくなり、管轄区域の首長が午後からの労働停止を宣言しました。
Bは安全に考慮し、労働を停止します。
この場合の給与と労働時間は休息日の規定に基づいて計算します。
（最初の2時間は1/3の割り増し計算 それ以降の2時間は2/3の割り増し計算）
またこの日の出勤時間の4時間は、労働基準法が規定している延長労働時間の合計に含まれるため、毎月の延長労働時間の上限を超えないよう注意が必要です。
休息日に出勤したので、規定の休息日割り増し賃金を支払います。
台風休暇発令日に出勤したので、別の計算となるというようなことはありません。